Το πρόγραμμα δομείται και διοικείται από τα παρακάτω όργανα:

Σύγκλητος του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας

• θέματα ακαδημαϊκού, διοικητικού, οργανωτικού και οικονομικού χαρακτήρα
• όσες αρμοδιότητες σχετικά με το πρόγραμμα δεν ανατίθενται από το νόμο ειδικώς σε άλλα όργανα

Επιτροπή Μεταπτυχιακών Σπουδών

• υποβολή γνώμης προς τη Σύγκλητο για την ίδρυση του προγράμματος μεταπτυχιακών σπουδών ή την τροποποίηση των ήδη λειτουργούντων προγραμμάτων μετά από αξιολόγηση των σχετικών αιτημάτων των Συνελεύσεων των Τμημάτων
• κατάρτιση σχεδίου Κανονισμού για προγράμματα δεύτερου και τρίτου κύκλου σπουδών και η υποβολή του προς τη Σύγκλητο
• εκπόνηση πρότυπου σχεδίου Κανονισμού λειτουργίας προγράμματος μεταπτυχιακών σπουδών
• έλεγχος της τήρησης των Κανονισμών λειτουργίας των προγραμμάτων μεταπτυχιακών σπουδών
• παρακολούθηση της εφαρμογής της νομοθεσίας, του Κανονισμού και των αποφάσεων των οργάνων διοίκησης του Α.Ε.Ι. από τα προγράμματα μεταπτυχιακών σπουδών
• παρακολούθηση της εφαρμογής της διαδικασίας απαλλαγής από την υποχρέωση καταβολής τελών φοίτησης
• κάθε άλλη αρμοδιότητα που ορίζεται από τον Εσωτερικό Κανονισμό

Επιτροπή Προγράμματος Σπουδών

• ανάθεση διδακτικού έργου στους διδάσκοντες
• συγκρότηση επιτροπών επιλογής ή εξέτασης των υποψηφίων μεταπτυχιακών φοιτητών
• διαπίστωση της επιτυχούς ολοκλήρωσης της φοίτησης προκειμένου να απονεμηθεί το Δίπλωμα Μεταπτυχιακών Σπουδών
• εισήγηση προς τη Σύγκλητο της τροποποίησης της απόφασης ίδρυσης του προγράμματος και της παράτασης της διάρκειας του
• έγκριση του απολογισμού του προγράμματος
• κάθε άλλη αρμοδιότητα που προβλέπεται από το νόμο

Συντονιστική Επιτροπή

• κατάρτιση του αρχικού ετήσιου προϋπολογισμού
• κατάρτιση του απολογισμού
• έγκριση διενέργειας δαπανών
• έγκριση χορήγησης υποτροφιών, ανταποδοτικών ή μη, σύμφωνα με όσα ορίζονται στην απόφαση ίδρυσης του προγράμματος και τον Κανονισμό μεταπτυχιακών και διδακτορικών σπουδών
• εισήγηση προς τη Επιτροπή Προγράμματος Σπουδών για την κατανομή του διδακτικού έργου, καθώς και την ανάθεση διδακτικού έργου στις κατηγορίες διδασκόντων του άρθρου 83 του νόμου 4957/2022
• εισήγηση προς την Επιτροπή Προγράμματος Σπουδών την πρόσκληση Επισκεπτών Καθηγητών για την κάλυψη διδακτικών αναγκών του προγράμματος
• κατάρτιση σχεδίου για την τροποποίηση του προγράμματος σπουδών, το οποίο υποβάλλει προς την  Επιτροπή Προγράμματος Σπουδών
• είσηγηση προς την  Επιτροπή Προγράμματος Σπουδών για την ανακατανομή των μαθημάτων μεταξύ των ακαδημαϊκών εξαμήνων, καθώς και για θέματα που σχετίζονται με την ποιοτική αναβάθμιση του προγράμματος σπουδών

Διευθυντής

• προεδρεύει της Συντονιστικής Επιτροπής, καθώς και της Επιτροπής Προγράμματος Σπουδών, συντάσσει την ημερήσια διάταξη και συγκαλεί τις συνεδριάσεις της
• εισηγείται τα θέματα που αφορούν στην οργάνωση και λειτουργία του προγράμματος προς την Επιτροπή Προγράμματος Σπουδών
• εισηγείται προς τη Συντονιστική Επιτροπή και τα λοιπά όργανα θέματα σχετικά με την αποτελεσματική λειτουργία του προγράμματος
• είναι Επιστημονικός Υπεύθυνος του προγράμματος σύμφωνα με το άρθρο 234 του νόμου 4957/2022 και ασκεί τις αντίστοιχες αρμοδιότητες
• παρακολουθεί την υλοποίηση των αποφάσεων των οργάνων του προγράμματος και του Εσωτερικού Κανονισμού μεταπτυχιακών και διδακτορικών προγραμμάτων σπουδών, καθώς και την παρακολούθηση εκτέλεσης του προϋπολογισμού
• ασκεί οποιαδήποτε άλλη αρμοδιότητα, η οποία ορίζεται στην απόφαση ίδρυσης του προγράμματος

Επιτροπή Επιλογής Εισακτέων

• έλεγχος των υποβληθέντων δικαιολογητικών των υποψηφίων, της συνάφειας του πτυχίου τους με το γνωστικό αντικείμενο του προγράμματος και της γλωσσικής τους επάρκειας
• διενέργεια εξετάσεων και συνεντεύξεων, τελική κατάταξη των υποψηφίων με βάση τη λίστα των κριτηρίων εισαγωγής και σχετική εισήγηση προς την Επιτροπή Προγράμματος Σπουδών